רון שמיר
שגיאת לואה ביחידה package.lua בשורה 80: module 'יחידה:PV-options' not found.שגיאת תסריט: היחידה "תבנית מידע/אישיות" אינה קיימת.שגיאת לואה ביחידה package.lua בשורה 80: module 'יחידה:PV-options' not found.רון שמיר (נולד ב-29 בנובמבר 1953) הוא פרופסור ישראלי למדעי המחשב הידוע בעבודתו בתורת הגרפים ובביולוגיה חישובית. הוא מכהן כראש הקתדרה לביואינפורמטיקה של ריימונד ובברלי סאקלר, והוא המייסד של מרכז אדמונד ספרא לביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב והעומד בראשו.
ראשית חייו[עריכה]
רון שמיר נולד בירושלים בשנת 1953, בנם הבכור של ורדה ורפאל שמיר. משפחתו הספרדית של אביו גרה בעיר העתיקה בירושלים בבית ברוך מזרחי למעלה מ-400 שנה. הוריה של אמו היו חלוצים שעלו מרוסיה לישראל בעלייה השלישית בראשית שנות העשרים. יש לו שתי אחיות צעירות יותר, דפנה וגדית. שמיר למד בגימנסיה העברית רחביה בירושלים. בתיכון הוא היה פעיל בצופים ובאתלטיקה, ובין הישגיו זכה באליפות ירושלים בהדיפת כדור ברזל.
שמיר החל לימודי תואר ראשון במתמטיקה ופיזיקה באוניברסיטת תל אביב (1973–1975) וסיימו באוניברסיטה העברית בירושלים (1975–1977). בהמשך החל לימודים לתואר שני בחקר ביצועים באוניברסיטת תל אביב בהנחיית אורי יחיאלי, ולאחר מכן הצטרף לתוכנית הדוקטורט במחלקת IEOR באוניברסיטת קליפורניה בברקלי, שם למד בין השנים 1981–1984. עבודת הדוקטורט שלו נערכה בהנחיית ריצ'רד קרפ ואילן אדלר.
קריירה[עריכה]
השנים הראשונות[עריכה]
שמיר החל את הקריירה המדעית שלו[1][2][3][4] בחקר ביצועים, בחן בעיות אופטימיזציה הקשורות לתכנון ליניארי ולשיטת הסימפלקס. עבודת הדוקטורט שלו עם אדלר וקרפ עסקה בניתוח מקרים ממוצע של שיטת סימפלקס והראתה כי גרסה מסוימת של סימפלקס הייתה ריבועית במודל נתוני קלט פשוט[5]. תוצאות דומות ניתנו במקביל על ידי מייקל טוד ועל ידי אדלר ונמרוד מגידו. בהמשך עבד עם דורית הוכבאום על אלגוריתמים יעילים לבעיות אופטימיזציה מובנות.[6]
תורת הגרפים האלגוריתמיים[עריכה]
בתחילת שנות ה-90 שמיר הפנה את עיקר מרצו לתורת הגרפים האלגוריתמיים. יחד עם תלמידיו, חיים קפלן ומרטין גולומביץ', הוא חקר בעיות של כריכי גרפים[7], בעיות השלמת גרפים ומגוון בעיות הקשורות לתרשימי מרווחים[8][9]. אחד המאמרים שלו בנושא בעיית שביעות הרצון הוחל מאוחר יותר על חקר המיפוי הפיזי של ה-DNA; [10] הדבר סימן את כניסתו לתחום הביולוגיה החישובית.
ביואינפורמטיקה[עריכה]
שמיר השתמש במומחיות שלו בתורת הגרפים לפיתוח אלגוריתמי אשכולות לניתוח בעיות ביטוי גנים. המאמר הראשון שלו בתחום זה, עם ארז הרטוב, הציג את אלגוריתם האשכולות של HCS[11]. אלגוריתם ה- CAST שלו, עם זוהר יכיני ועמיר בן דור, פורסם בשנת 1999[12] ומשך תשומת לב רבה מקהילת הביואינפורמטיקה; הטכניקות המתוארות במאמרו בנושא זה, הפכו פופולריות בניתוח נתונים גנומיים. אלגוריתם האשכולות CLICK[13] עם רודד שרן ואלגוריתם SAMBA עם עמוס תנאי ורודד שרן לדו-גלגל[14] מצויים בשימוש רחב.
ברבות הזמן, הרחיב שמיר את מחקרו כך שיכלול היבטים נוספים של ביואינפורמטיקה, כגון ניתוח רשתות ביולוגיות[15][16], סידורי גנום מחדש[17], מציאת מוטיבים רצפים[18][19], וויסות תעתיק[20][21]. כלים רבים שפותחו במעבדתו זמינים כחלק מחבילת EXPANDER[22] המספקת סביבה משולבת לניתוח נתונים ביולוגיים בעלי תפוקה גבוהה.
המחקר הנוכחי של שמיר מתמקד בניתוח אינטגרטיבי של נתונים ביו-רפואיים הטרוגניים עם תפוקה גבוהה, סידורי גנום בסרטן, ויסות גנים.
פעילויות נוספות[עריכה]
שמיר היה בוועדת ההיגוי המייסדת של ישיבת RECOMB[23], הכנס העיוני הראשי בביואינפורמטיקה, וכיהן בה במשך 13 שנה. הוא הקים את החברה הישראלית לביואינפורמטיקה וביולוגיה חישובית והיה נשיא החברה בין השנים 2004–2006. הוא ראש מרכז אדמונד ג'יי ספרא לביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב ומכהן את הקתדרה לביואינפורמטיקה של ריימונד ובוורלי סאקלר[24]. שמיר מקדיש זמן גם לחינוך ביואינפורמטיקה. הוא פיתח הערות הרצאה מקיפות הנמצאות בשימוש נרחב על גנומיקה חישובית (אלגוריתמים לביולוגיה מולקולרית) ועל ניתוח ביטוי גנים, שבבי DNA ורשתות גנים. הוא הקים את התוכנית המשותפת למדעי החיים ומדעי המחשב לתואר ראשון בביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב, וכן מעביר את קורסי הליבה של התוכנית ופיקח על תארים מתקדמים במסגרת תכנית זו. סטודנטים. כמו כן ערך יחד עם פבל א' פבזנר את הספר "ביואינפורמטיקה לביולוגים"[25] .
פרסים[עריכה]
- פרס משפחת קדר למחקר מצטיין, אוניברסיטת תל אביב (2017)
- "פרס מבחן הזמן" עבור המאמר "זיהוי מתחמי חלבונים" משנת 2004 [26] (2016)
- חבר האגודה הבינלאומית לביולוגיה חישובית (2012)
- עמית ACM מטעם האגודה למכונות מחשוב [27] (2012)
- "פרס מבחן הזמן" על מאמרו "דפוסי ביטוי גנים באשכולות" משנת 1999 [28] (2011)
- הפרס הלאומי ע"ש מייקל לנדאו למדעים בתחום הביואינפורמטיקה [29] (2010)
- ראש הקתדרה ע"ש ריימונד ובברלי סאקלר לביואינפורמטיקה, אוניברסיטת תל אביב [30] (2003)
- פרס המאמר הטוב ביותר של ISMB על מאמרו "יישור ספקטרום" [31] (2000)
- מלגת אלון מהאקדמיה הישראלית למדעים ומדעי הרוח (1987)
חיים אישיים[עריכה]
שמיר נשוי למיכל אורן-שמיר, פרופסור במכון וולקני. יש להם שלושה בנים: אלון, איתי ויואב. הם גרים ברחובות.
הערות שוליים[עריכה]
שגיאת לואה ביחידה package.lua בשורה 80: module 'יחידה:PV-options' not found.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת..
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "Citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ RECOMB steering committee, including former member Ron Shamir. Accessed January 12, 2014
- ↑ http://safrabio.cs.tau.ac.il/steering_committee.htm Members of the steering committee of the Edmond J. Safra Center for Bioinformatics
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ שגיאת תסריט: היחידה "Citation/CS1" אינה קיימת.
- ↑ ACM fellow profile, Association for Computing Machinery
- ↑ RECOMB award winners. Accessed January 12, 2014
- ↑ Landau Prize Winners for 2010 (Hebrew). Accessed January 12, 2014
- ↑ The Raymond and Beverly Sackler Chair in Bioinformatics endowed chairs. Accessed January 12, 2014
- ↑ Intelligent System for Molecular Biology (ISMB) keynote speakers, ISMB. Accessed January 12, 2014.
This article "רון שמיר" is from Wikipedia. The list of its authors can be seen in its historical and/or the page Edithistory:רון שמיר. Articles copied from Draft Namespace on Wikipedia could be seen on the Draft Namespace of Wikipedia and not main one.
|
This page exists already on Wikipedia. |
